2008年3月28日，学院召开了第103次党政联席会议，院长韩仁海、院党委书记朱玉玺主持并召开会议。会议研究决定，为提高管理效率，缩减决策层到操作层的距离，下移管理重心，学院将从2008年4月1日起，实施“扁平化管理”即“二级管理”。
这次机构改革是学院继2002年晋升高职设置系部以来力度最大的一次改革。撤销了原系、部和教研室，设教学分院和以专业划分的部。改革后，学院教学系统划分为铁建学院、城市轨道交通学院、计算机学院、基础教育学院。为充实各分院人力资源，学院对人员进行了相应调整，撤销了原就业实训处，改革学生处、教务处为职能部门，教育培训部更名为成人教育学院，高教研究室更名为教科研(督导)处。
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